A saga de Kyoto chega ao fim e a nova fase começa a todo vapor! Depois de vencer Makoto Shishio, Kenshin passa um tempo em Kyoto, tratando das feridas que sofreu nas batalhas. Recuperado, chega a hora de ele e de toda a turma do Dojo Kamiya voltarem para Tóquio. Porém, o breve momento de paz que estão vivenciando está para ser quebrado bruscamente. Quem chega de Xangai é Enishi Yukishiro, que traz na mala um enorme desejo de vingança contra Kenshin e organiza uma “Irmandade” somente para este fim.