A história se passa em uma metrópole cyberpunk de Neo-Saitama. Depois que sua esposa e filho são mortos em uma guerra territorial ninja, o assalariado Kenji Fujikido é possuído por uma alma ninja misteriosa conhecida como Naraku Ninja. O desejo de Naraku de massacrar o ninja do mal se sobrepõe a vingança de Fujikido, juntos eles são o Ninja Slayer
