Em três horas, Sidonia será destruída?! Com a mais nova invenção da kabi artificial, a guerra contra os Gaunas parecia finalmente acabar com a vitória da humanidade. Mas foi justo nesse momento que surge a maior ameaça de todas, literalmente: um asteroide muito maior que a nave Mass Union dos Gaunas está em rota de colisão com Sidonia! Os responsáveis pelo cálculo da rota do asteroide afirmam que a colisão é inevitável, será que a tropa de guardiões conseguirá dar um jeito nessa ameaça gigantesca?